اولین و مؤثرترین راه کنترل مگس‌ها رعایت بهداشت است. در این میان مدیریت کود گاوداری اهمیت زیادی دارد.
برداشتن صحیح کود از محیط‌های اطراف، محل‌های تولیدمثل مگس‌ها را کم می‌کند. مدیریت فاضلاب گاوداری و دفع صحیح آن (که در اکثر گاوداری‌های کشور انجام نمی‌شود) در کنترل تکثیر مگس‌ها در منطقه‌ای وسیع مؤثر است.
ترمیم اتصالات شیرهای آب و جلوگیری از مرطوب شدن بستر و خشک نگه داشتن مواد غذایی نیز می‌تواند مگس‌های مزاحم را کم کند، همچنین سمپاشی برای ازبین بردن لارو روش بسیار مؤثری می‌باشد.
بدون رعایت بهداشت در گاوداری، روش‌های دیگر مبارزه اثر چندانی نخواهد داشت. گازوئیل‌پاشی یا آهک‌پاشی روی کودهای جمع شده در گاوداری به کنترل مگس کمک می‌کند ولی چون اکثر اوقات اثرات جانبی زیادی دارد (مثلا بدون استفاده شدن کودی که می‌بایستی به مصرف کشاورزی برسد، بو گرفتن شیر و اثر سوزانندگی روی بدن گاو این روش‌ها مناسب به‌نظر نمی‌رسند.)
مگس‌ها علاقه زیادی به گوساله‌های تازه متولد شده دارند. ظاهراً این علاقه بعلت آغشته بودن گوساله به ترشحات زایمانی است. با شستن این ترشحات بلافاصله بعد از تولد، می‌توان تجمع مگس‌ها را در اطراف گوساله‌ها کم کرد.
تمیز کردن روزانه بستر گوساله‌ها نیز از تجمع مگس‌ها در گوساله‌دانی پیشگیری می‌کند.
مهمترین مواد شیمیایی در کنترل مگس‌ها، سموم هستند که انواع مختلفی دارند که اینجا مجال پرداختن به آنها و اثرات و مضرات هرکدام از آنها نمی‌باشد.
امروزه استفاده از سموم برای کنترل مگس رو به محدود شدن می‌رود. دلایل این امر عبارتند از:
1- باقی ماندن آنها در آب آشامیدنی و محصولات کشاورزی
2- هزینه زیاد استفاده‌های غیرضروری و غیرمؤثر
3- کم شدن میزان قدرت انتخاب برای یک حشره‌کش مناسب
4- ایجاد مقاومت سریع روی آفات
در عین حال سموم را به روش‌های زیر می‌توان مورد استفاده قرار داد:
١- مستقیما روی بدن حیوان: به صورت پودر، اسپری، Ear tag ،Feed through
۲- استفاده در محیط زندگی: به صورت مه‌پاشی، طعمه، سم‌های طولانی اثر (حاوی فرومون)، اسپری روی کود جهت کنترل لاروها.
** نکته: استفاده از سموم حاوی فرومون، از این جهت که فقط مگس‌ها را انتخاب می‌کنند، مناسب می‌باشد ولی معایب خود را نیز داراست:
•• مگس‌ها جذب محل (مثلا گوساله‌دانی) می‌شوند.
•• باقی‌مانده محیط زیستی دارد.
•• ایجاد مقاومت می‌کند.
** سمپاشی روی محل تخمگذاری مگس‌ها ارزش چندانی ندارد چون اسیدیته محل، حشره‌کش‌ها را غیرفعال می‌کند و مهمتر از آن باعث آلودگی محیط زیستی و محصولات کشاورزی می‌گردد.
•• در سمپاشی مستقیم، چون باید مگس‌ها تماس مستقیم با سم داشته باشند، سمپاشی بایستی وقتی انجام شود که مگس‌ها کمترین تحرک را دارند (شب هنگام، صبح زود، هنگام غروب) و به خاطر اینکه لاروها و پویا‌ها معمولا در این سمپاشی ازبین نمی‌روند لازم است یک یا دو هفته بعد سمپاشی تکرار شود.
افزودنی‌های خوراکی
افزودنی‌های خوراکی راه دیگر کنترل مگس‌ها هستند. این مواد با غذای گاو وارد دستگاه گوارش حیوان شده همراه با مدفوع، دفع می‌شوند و بدین طریق در مدفوع است که باعث ازبین رفتن تخم یا لارو مگس می‌گردند.
با این وجود این مواد اثر موقتی دارند. البته این روش در مناطق مرطوب اثربخشی زیادی ندارد.
کنترل بیولوژیکی
در چند سال اخیر محصولات بیولوژیکی برای مبارزه با مگس به‌صورت تجاری در دسترس قرار گرفته است. اکثر این محصولات محدودیت نقل و انتقال دارند و اثربخشی آنها در ایران هنوز مشخص نشده است.
